従来のMES2.xは独自APIを提供していましたが、MES3.0はLinuxに準拠したAPIを提供します。
MES3.0はLinuxの下位互換性であり、MES3.0のユーザープログラムは原則としてLinuxでも同じソースコードで動作します。ただし、MMUが前提となる機能やLinuxはない機能はMES3.0の独自APIとなります。
また、MES3.0では引き続きMES2.xのユーザープログラムも動作します。
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