LinuxでAnalog Discoveryを使うには、Digilent WavefomsDigilent Adept 2 をダウンロードして入手します。
Digilentのサイトで登録をすればダウンロードでき、プラットホームを選べます。
Linux 64bit debパッケージをそれぞれダウンロードし、以下のようにインストールしました。

$ sudo dpkg -i digilent.adept.runtime_2.20.1-amd64.deb
$ sudo dpkg -i digilent.waveforms_3.12.2_amd64.deb

Analog Discovery をUSBケーブルでPCに接続し、Ububtuのメニューで WaveForms をクリックすると計測や信号出力などを行うことができます。