AVRマイコンの開発環境は、Ubuntuでもしっかりとメンテナンスされているため、以下のように簡単に導入できます。

$ sudo apt install gcc-avr
$ sudo apt install avrdude

gcc-avr にはクロスコンパイラ本体だけでなく、AVRの個別型番ごとのヘッダーやライブラリがありますので、そのままクロス開発ができます。
また、avrdude は、自作や市販のプログラムライターにも個別型番ごとに対応しています。
例えば、750円のAVRライターでも動作し、現在、書き込みで使っています。
このようにAVRの開発は、Linuxのみで行うことができます。